Vou mostrar aqui 3 exemplos para compilar arquivos .java.
Compilar com JavaCompiler
CompilerTeste.java
Compilar com Runtime
JavacTeste.java
Compilar com tools.jar*
* Você vai precisar baixar o tools.jar para rodar este exemplo.
MainTeste.java
Referências:
http://diego-pacheco.blogspot.com.br/2007/04/compiler-api-of-mustang.html
http://pastebin.com/ij5xfaie
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